Les défis de l'agronomie : la nouvelle génération de solutions
Jour 1 - 17 Avril 2024
Ivan SACHE
Challenges for tomorrow's agronomists : Old ideas, new solutions
Résumé à venir
Baber ALI
High-dimensional multi-omics measured in controlled conditions are useful for maize platform and field trait predictions
The effects of climate change in the form of drought, heat stress, and irregular seasonal changes threaten global crop production. The ability of multi-omics data, such as transcripts and proteins, to reflect a plant’s response to such climatic factors can be capitalized in prediction models to maximize crop improvement. Implementing multi-omics characterization in routine field evaluations is challenging due to high costs. It is, however, possible to do it on reference genotypes in controlled conditions. Using omics measured on a platform, we tested different multi-omics-based prediction approaches, with and without pedo-climatic data, using a high dimensional linear mixed model (MegaLMM) to predict genotypes for platform traits and agronomic field traits in a hybrid panel of 244 maize Dent lines crossed to a Flint tester. We considered two prediction scenarios: in the first one, new hybrids are predicted (CV1), and in the second one, partially observed hybrids are predicted (CV2). For both scenarios, all hybrids were characterized for omics on the platform. We observed that omics can predict both additive and non-additive genetic effects for the platform traits, resulting in much higher predictive abilities than GBLUP. This highlights their efficiency in capturing regulation processes in relation to the growth conditions. For the field traits, we observed that the additive components of omics slightly improved predictive abilities for predicting new hybrids (CV1, model MegaGAO) and for predicting partially observed hybrids (CV2, model GAOxW-BLUP) in comparison to GBLUP. Our study confirms the potential of omics to predict additive and non-additive genetic effects, resulting in a potentially high increase in predictive abilities compared to standard genomic models.
Louise BELLET
L'expérience du terrain au service de la recherche... et vice-versa
Nous avons besoin des chercheurs sur le terrain pour réunir savoir-faire et savoir dire, et définir les bonnes priorités économiques et écologiques. Au travers de mon expérience du monde agricole, j'interrogerai les approches de recherche qui permettent une mise en valeur du l'Homme au service de demain.
Mahtab SHOUKAT
Exploring the influence of iron addition on microbial succession and metabolomic changes during cheese ripening
Iron is one of the most vital micronutrients for almost all microorganisms, required for their metabolic and biological functions. Cheese is a highly iron-restricted habitat due to low iron quantity in cow milk (0.09–0.90 mg kg−1), presence of iron chelating proteins (lactoferrin), low iron diffusion index in the cheese matrix, and low iron availability at the cheese surface due to the presence of oxygen. It has been demonstrated that iron is a limiting factor for the growth of many surface-ripening bacteria. Iron competition could be a mediator of microbe-microbe interactions in cheese rinds. Understanding iron's role in cheese-ripening microbes is of utmost importance due to its crucial role in various mechanisms.
This study studied the effect of iron supplementation from different iron sources on the reduced microbial community (RMC) consisting of 9 surface-ripened cheese microorganisms(Lactococcus lactis, Glutamicibacter arilaitensis, Brevibacterium aurantiacum, Staphyloccocus equorum, Corynebacterium casei, Hafnia alvei, Geotrichum candidum, Debaryomyces hansenii, Kluyveromyces lactis) used in an experimental model cheese system. The experiment involved three different iron sources, namely FeCl3.6H2O, FeSO4.7H2O, and Fe-Citrate, and each of these iron sources was evaluated under 4 different conditions, i.e., 0µM, 18µM, 36µM, and 72µM. The cheese was sampled on days 0 and 28. Viable plate count evaluated the growth, and the production of volatile compounds was followed by GC-MS analysis.
Iron supplementation profoundly impacted the behavior of the tested RMC, especially by stimulating the growth of Lactococcus lactis and, more importantly, ripening bacteria belonging to the Actinomycetal phylum such as Brevibacterium aurantiacum, Glutamicibacter arilaitensis and Corynebacterium casei. This difference in the growth of certain members of the tested microbial community was accompanied by an increase in the final pH values measured on the model-cheese surface. Besides, Iron supplementation modified the VOCs profile of experimental cheese depending on iron concentration, regardless of the iron source.
Thanh-Julie NGUYEN
Effets des pesticides sur les pollinisateurs sauvages et modulations de ces effets par le contexte paysager
En Europe, une espèce sur dix d’abeilles et de papillons est menacée. L’utilisation de pesticides mène à la perte des habitats naturels et semi-naturels, à la fragmentation, à la dégradation et à la diminution de la diversité floristique disponible. Cela a pour conséquence de restreindre la capacité de nidification des pollinisateurs ainsi que leur ressource florale. Si l'effet néfaste et toxique de ces pesticides a été largement démontré pour l'abeille domestique, leurs effets sur les pollinisateurs sauvages restent encore mal connus. Pourtant, ces pollinisateurs sont essentiels pour 95 % des plantes sauvages ainsi que pour les réseaux trophiques associés.
La composition et la structure des paysages peuvent être des leviers pour les préserver. Cependant, ce rôle sur l’exposition des pollinisateurs sauvages aux pesticides et leurs effets restent mal connus. L'objectif de cette thèse sera d’une part d’identifier les variables paysagères dont l’effet sur l’exposition et l’impact des pesticides sur les pollinisateurs sauvages ont été démontrés dans une synthèse bibliographique. Dans un second temps, les effets des pesticides sur les pollinisateurs sauvages seront étudiés avec une des bases de données de suivis à long terme et à grande échelle d’une centaine de parcelles échantillonnées chaque année depuis 2013. Enfin, on estimera les effets conjoints de l’usage des pesticides et des effets du paysage sur les pollinisateurs sauvages.
L’objectif est de fournir des indications cruciales pour orienter les politiques de conservation et les pratiques agricoles visant à protéger la biodiversité des pollinisateurs sauvages dans les paysages agricoles modernes.
Garance TREPS
La restauration scolaire publique en France : quels facteurs influencent l’approvisionnement en produits durables et biologiques ?
L’approvisionnement de la Restauration Collective est souvent considéré comme un levier important pour améliorer la durabilité des systèmes alimentaires. En effet, du fait de sa puissance d’achat, il peut influencer les pratiques de production et de consommation. Cela se traduit en France par l’inclusion, dans la loi Egalim en 2018, d’objectifs en termes d’achats écologiques pour le secteur, imposant 50% de produits durables et 20% de produits bio. Une grande partie des établissements se situe encore loin des objectifs, avec une très grande hétérogénéité dans la part de produits bio et durables dans leurs approvisionnements, tout particulièrement dans le secteur scolaire. Cette étude examine les facteurs responsables de cette hétérogénéité. Un modèle économétrique est utilisé sur une base de données originale de 3 000 communes françaises contenant des informations sur leur restauration collective scolaire publique. Notre modèle tient compte de l’endogénéité entre certaines variables et du biais de sélection des communes répondantes. Nos principaux résultats montrent que des facteurs organisationnels, politiques et de disponibilité locale de l’offre ont une influence significative sur la part de produits bio et durables dans l’approvisionnement des établissements de restauration scolaire dans les communes de l’échantillon. Ces résultats suggèrent l’intérêt d’une différenciation de la politique alimentaire en faveur de la transition écologique en fonction de ces facteurs et de leur nature.